Gráfico de Cobertura de Vacinação

No gráfico acima, cada ponto representa um país. O tamanho do círculo externo em preto representa a sua população total. O círculo interno, colorido, representa a população vacinada (que recebeu ao menos uma dose), em números absolutos.

A fonte dos dados é o Our World in Data. Nesta fonte, nem todos os países possuem do dado da população vacinada, apenas do número de doses administradas. Nestes casos, regressão linear entre a razão de vacinas e população e, respectivamente, a população vacinada com ao menos uma dose e a população com vacinação completa é utilizada para estimativa. São utilizados os dados do último dia disponível de cada país. Exibidos apenas países com mais de 1 milhão de habitantes.

Gráficos postados diariamente no Twitter em @robertodepinho

Outros gráficos disponíveis em: Gráficos Covid-19

Código em R*:



vaccminder <- function(lang = "pt"){
  
  #column selection
  selected_columns = c("iso_code", "location" ,"continent", "date", "population","total_vaccinations", "people_fully_vaccinated", "people_vaccinated")
  
  #read data
  df = read.csv("https://raw.githubusercontent.com/owid/covid-19-data/master/public/data/owid-covid-data.csv", stringsAsFactors = F)
  df = subset(df, !is.na(total_vaccinations))
  
  #keep only last day for each country
  last_date = aggregate(date ~ iso_code, df, max)
  colnames(last_date)[2] = "last_date" 
  df = merge(df, last_date, by = "iso_code", all.x = T)
  df_ld = df[df$date == df$last_date, selected_columns]  
  
  #calculation
  df_ld$people_vacc_ratio = df_ld$people_vaccinated / df_ld$total_vaccinations
  median_ratio = median(df_ld$people_vacc_ratio, na.rm=T)
  
  df_ld$people_fully_vacc_ratio = df_ld$people_fully_vaccinated / df_ld$total_vaccinations
  median_ratio_fully = median(df_ld$people_fully_vacc_ratio, na.rm=T)
  
  
  df_ld$people_vaccinated_est = ifelse(!is.na(df_ld$people_vaccinated), 
                                       df_ld$people_vaccinated, 
                                       df_ld$total_vaccinations * median_ratio)

  df_ld$people_fully_vaccinated_est = ifelse(!is.na(df_ld$people_fully_vaccinated), 
                                             df_ld$people_fully_vaccinated, 
                                             df_ld$total_vaccinations * median_ratio_fully)
  
    
  df_ld$non_vacc = df_ld$population - df_ld$people_vaccinated_est
  df_ld$people_vaccinated_per_hundred = df_ld$people_vaccinated_est / df_ld$population * 100 
  df_ld$people_fully_vaccinated_per_hundred = df_ld$people_fully_vaccinated_est / df_ld$population * 100 
  
  #translation list & df
  translation <- list(
       "title" = list("en" = "Vaccination Coverage", "pt"="Cobertura da Vacinação"),
       "people_1M" = list("en" = "People (millions)", "pt"="Pessoas (Milhões)"),
       "continent" = list("en" = "Continent", "pt"="Continente"),
       "vacc" = list("en" = "Vaccinated", "pt"="Vacinada"),
       "tot" = list("en" = "Total", "pt"="Total"),
       "pop" = list("en" = "Population", "pt"="População"),
       
       "vacc_100" = list("en" = "People vaccinated per hundred", "pt"="Pessoas vacinadas a cada 100"),
       "vacc_full_100" = list("en" = "People fully vaccinated per hundred", "pt"="Pessoas completamente vacinadas a cada 100")
  )
  
  continents = data.frame(continent = c("Asia", "Africa", "Europe", "South America", "Oceania", "North America"), 
                          continent_pt = c("Ásia", "África", "Europa", "América do Sul", "Oceania", "América do Norte"))
    
  #translate country names
  library(countrycode)
  df_ld$country_name = countrycode(df_ld$iso_code, origin = "iso3c", destination = paste("cldr.name.", lang, sep=""))
  df_ld = merge(df_ld, continents, by = "continent", all.x = T )
  if(lang == "en"){
    df_ld$continent_name =  df_ld$continent
    
  } else {
    df_ld$continent_name = df_ld$continent_pt
  }
  
  #chart
  library(ggplot2)
  library(scales)
  library(ggrepel)
  source("src/theme_black.R")
  
  #select chart data
  dfw = df_ld
  dfw = dfw[ substr(dfw$iso_code, 1,4) != "OWID",]
  dfw = dfw[ dfw$population> 10^6,]
  
  covidPlot = ggplot(data=dfw) 
  covidPlot = covidPlot  + ggtitle(translation[["title"]][[lang]])
  covidPlot = covidPlot + aes(x=people_vaccinated_per_hundred, y=people_fully_vaccinated_per_hundred, size = population/10^6, 
                              label = country_name)
  
  covidPlot = covidPlot  + annotate("text", label = "@robertodepinho", color= "grey50",
                                    x = 100, y = 0, vjust=0.1, hjust=1.1)
  
  covidPlot = covidPlot  + geom_point(aes(size=people_vaccinated_est/10^6, color = continent_name, shape = "vacc"), alpha = 1.0) 
  covidPlot = covidPlot  + geom_point(color="black", alpha = 1.0, aes(shape="pop") ) 
  
  covidPlot = covidPlot + geom_text_repel(hjust=-.2, vjust=.5, size=2.7) 
  
  covidPlot = covidPlot  +  theme_jf_2()
  covidPlot = covidPlot  + scale_size_continuous(name = translation[["people_1M"]][[lang]], 
                                                 range =c(1,20), 
                                                 limits=c(0,max(dfw$population/10^6)) )
  covidPlot = covidPlot  + scale_color_discrete(name = translation[["continent"]][[lang]])
  covidPlot = covidPlot  + guides(color = guide_legend(override.aes = list(size = 10)))
  
  covidPlot = covidPlot  + scale_shape_manual(name = translation[["pop"]][[lang]], 
                              labels = c(translation[["vacc"]][[lang]], translation[["tot"]][[lang]]),
                              values = c(16,1),
                              breaks = c("vacc", "pop"))
  covidPlot = covidPlot  + guides(shape = guide_legend(override.aes = list(size = 10)))
  
  covidPlot = covidPlot  + scale_x_continuous(labels =  label_comma())
  covidPlot = covidPlot  + scale_y_continuous(labels =  label_comma())
  covidPlot = covidPlot  + xlab(translation[["vacc_100"]][[lang]]) + ylab(translation[["vacc_full_100"]][[lang]])  
  covidPlot = covidPlot  + theme(legend.position =  "bottom") 
  
  return(covidPlot)
  
  
}

* Versão inicial. Nesta versão, a população vacinada com ao menos uma dose e a população com vacinação completa é estimada com base nas respectivas medianas da relação entre doses aplicadas e população coberta observada nos demais países.

Posted by Roberto de Pinho

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